La generación de un mercado biocombustibles de segunda generación en México, se asocia con su utilización como oxigenantes en las gasolinas producidas por Pemex. Su viabilidad económica depende de la implementación de una política pública que tome como base la diversificación de las materias primas para su producción, incentivos fiscales y financieros tanto para la producción como para el consumo y estándares de mezcla obligatorios. Por otra parte, el biogás cuenta con factibilidad técnica para su producción a partir de desechos orgánicos, sin embargo, esta tecnología no presenta viabilidad económica para un mercado nacional. Su producción a nivel local representa una oportunidad para impactar positivamente el desarrollo de las comunidades rurales en México.
